Standardmäßig wird oben auf dem Protokoll ein MESYS Logo angezeigt. Dies kann angepasst werden, indem ein Logo in der Datei "mesys.ini" definiert wird. Das Logo sollte in einer Größe erstellt werden, dass es in die Kopftabelle passt. Die DPI-Einstellung im Logo wird berücksichtigt, so dass auch ein hochauflösendes Bild verwendet werden kann. Zusätzlich besteht auch die Möglichkeit, eine eigene Vorlage der unterstützten Dateiformate (DOC, DOCX und ODT) zu erstellen und daraus das Protokoll zu generieren, wodurch die Möglichkeit besteht, das Logo anzupassen.
